任何帝國都有許多黑暗面,拜占庭帝國也不例外。其中一個面向,就是帝國利用基督教實施的宗教壓迫。隨著帝國在宗教上越來越趨於「一尊」,基督教的其他教派、其他的宗教等等,生存空間也就越來越小。其中最顯著的例子,就是希臘、羅馬多神教的消失。